Muscat è una delle città più vecchie del Medio Oriente. È conosciuta fin dal II secolo. Circa 1.400 kg di franchincenso venivano trasportati ogni anno per nave dall'Arabia Meridionale alla Grecia, a Roma e nel Mediterraneo. Il centro di questo commercio era un luogo chiamato Khur Ruri, che i greci chiamavano "Muscat".
La prima presenza straniera a Masqa? fu quella dell'esploratore portoghese Vasco da Gama, che sbarcò nell'Oman sulla strada per l'India. Il portoghese tornò nel 1507 per saccheggiare e catturare Masqa?. Nel 1649, l'Imam Sul??n bin Sayf sconfisse i portoghesi e li cacciò verso est a Goa (India).
Con le superiori navi da guerra catturate ai Portoghesi, l'Imam fondò un impero che si estendeva da Zanzibar a sud, a Gwadar in Pakistan ad est. Schiavi vennero fatti giungere da Zanzibar e dal Belucistan per lavorare nell'Oman o per essere venduti altrove. Questo dette un periodo di relativa stabilità e prosperità per Masqa? e l'Oman.
La nazione venne fatta a pezzi da lotte e ribellioni alla morte dell'Imam, nel 1679. Masqa? venne quindi invasa dai persiani nel 1737, anche se per poco, poiché A?mad bin Sa??d li sconfisse e venne successivamente eletto Imam.
Nel 1803, i Wahhabiti dell'Arabia Saudita attaccarono l'Oman, ma vennero respinti da Sayyid Sa'id bin Sultan. Il sultano creò quindi una colonia nelle zone fertili di Zanzibar e in pratica governò l'Oman da un'isola straniera. Successivamente, nel 1853, il Sultano trasferì il titolo di "capitale" dell'Oman a Zanzibar. Iniziò così il declino delle fortune di Masqat e Oman.
Nel 1913, il Taymur bin Faysal divenne Sultano e il territorio venne ribattezzato "Masqat e Oman", con il Sultano che governava Masqat e l'Imam che governava l'Oman. Dopo l'indipendenza indiana nel 1947, il Sultano, con l'aiuto dei britannici, sconfisse l'Imam e unificò gran parte dell'Oman, prendendo il controllo delle oasi di Buraimi.
Nel 1964 inizio la guerra del Dhof?r, che cercava l'espulsione dei britannici dall'Oman. Sei anni dopo, l'Emiro Q?b?s bin Sa??d, figlio del Sultano Taym?r, inscenò un colpo di palazzo e reclamò il trono. Il vecchio Sultano venne fatto fuggire a Londra dalla Royal Air Force. Il colpo di Stato, portato avanti dall'Emiro Q?b?s con al suo fianco il suo amico e confidente Tim Landon, fu l'inizio di un nuovo e moderno sultanato.
Il Sultano Q?b?s bin Sa??d istituì riforme sociali e territoriali, e benché in maniera autocratica, governò l'Oman con una visione liberale che vide un miglioramento complessivo degli standard educativi dei suoi cittadini, uno sviluppo culturale ed economico, e un consolidamento globale del sultanato.